นอกจากจังหวะการใส่แล้ว วิธีการใส่ เพื่อให้พืชดึงดูดไปใช้ได้อย่างมีประสิทธิภาพนั้น ก็มีความสำคัญเป็นอย่างมาก ทั้งนี้เนื่องจากในทันทีทันใดที่ปุ๋ยลงไปอยู่ในดิน ปฏิกิริยาการเปลี่ยนแปลง และการเคลื่อนย้ายของปุ๋ยจะเกิดขึ้นทันที
ธาตุไนโตรเจนในปุ๋ย จะเคลื่อนที่ได้รวดเร็วมาก เพราะละลายน้ำได้ง่าย ไนโตรเจนในรูปไนเทรต จะถูกน้ำพัดพาออกไปจากชั้นของดินได้อย่างรวดเร็ว ถ้ารากพืชดึงดูดเอาไว้ไม่ทัน ก็จะสูญเสียไปหมด และไม่เกิดประโยชน์ต่อพืชแต่อย่างใด ปกติแล้วปุ๋ยไนโตรเจนในดินจะสูญเสียไป โดยการชะล้างประมาณครึ่งหนึ่งของจำนวนที่ใส่ลงไป ไนโตรเจนในรูปของแอมโมเนียม ถึงแม้ จะดูดยึดอยู่ที่ผิวของอนุภาคดินเหนียวได้ และถูก ชะล้างได้ยากก็จริง เมื่อดินมีการถ่ายเทอากาศดี จะถูกแปรรูปโดยจุลินทรีย์ในดินจะทำปฏิกิริยา เพิ่มออกซิเจน (oxidized) ให้กลายเป็นไนเทรต (NO3- N) ได้ง่ายและเร็วมาก
ฟอสฟอรัสในปุ๋ย ถึงแม้จะละลายน้ำได้ง่าย แต่เมื่ออยู่ในดิน จะทำปฏิกิริยาอย่างรวดเร็วกับแร่ธาตุต่างๆ ในดิน กลายเป็นสารประกอบที่ละลายน้ำยาก ความเป็นประโยชน์ต่อพืชลดลง และไม่เคลื่อนย้ายไปไหน ดังนั้นเมื่อใส่ปุ๋ยฟอสเฟตตรงจุดไหน ฟอสเฟตที่ละลายน้ำได้ง่าย ก็มักจะอยู่ตรงจุดนั้น ถ้าจะเคลื่อนย้ายจากจุดเดิม ก็เป็นระยะใกล้ๆ ในรัศมี ๑-๕ ซม. เท่านั้น ดังนั้นการใส่ปุ๋ยฟอสเฟตให้กับพืช จึงต้องให้อยู่ใกล้กับรากมากที่สุด เพื่อที่รากจะไม่เป็นอันตรายจากปุ๋ยนั้น การใส่บนผิวดิน จะเป็นประโยชน์ต่อพืชน้อยกว่าใส่ใต้ผิวดินในบริเวณที่รากจะแพร่กระจายไปได้ถึง ซึ่งผิดกับปุ๋ยไนโตรเจน ที่ใส่บนผิวดินก็สามารถซึมลงมายังบริเวณรากที่อยู่ใต้ผิวดินได้ง่าย ดังนั้น การใส่ปุ๋ยไนโตรเจนใต้ผิวดินจึงไม่มีข้อดีไปกว่า ใส่บนผิวดิน
ปุ๋ยโพแทสเซียมจะเคลื่อนย้ายได้ง่ายกว่าฟอสเฟต แต่จะช้ากว่าไนโตรเจน โพแทสเซียมในปุ๋ย ละลายน้ำได้ง่ายพอๆ กับไนโตรเจนก็จริง แต่เนื่องจากมีประจุบวก ซึ่งดูดยึดอยู่ที่ผิวของอนุภาคดินเหนียวได้ จึงถูกชะล้างได้ยาก แต่ก็ยังเป็นประโยชน์ได้ง่ายแก่พืชอยู่ ดังนั้นการใส่ปุ๋ยโพแทสเซียม จึงสามารถใส่บนผิวดิน หรือใต้ผิวดินก็ได้ แต่การเคลื่อนย้ายจะช้ากว่าไนโตรเจน และในเวลาเดียวกันการสูญเสียโดยการชะล้างก็ จะน้อยกว่าด้วย
